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【正海新知】PCR實驗室為什么要進行三區(qū)隔離?

發(fā)布日期:2021-03-09 發(fā)布人: 原創(chuàng) 瀏覽次數(shù):3767

PCR實驗室總是出現(xiàn)假陽性,明明沒有加模板,最后卻擴出了產(chǎn)物。如果這種現(xiàn)象頻頻出現(xiàn),就要注意一下操作環(huán)境了。





 氣溶膠 

這里涉及氣溶膠的概念,氣溶膠是由固體或液體小質(zhì)點分散并懸浮在氣體介質(zhì)中形成的膠體分散體系,能在空氣中滯留至少幾個小時。


 概念 


PCR反應過程中不斷進行升溫降溫,液體蒸發(fā)又冷凝,PCR管中部分空氣形成氣溶膠,攜帶大量的DNA擴增產(chǎn)物(注意,1ng擴增產(chǎn)物中可作為模板的DNA片段數(shù)量,超過1ng起始模板中可擴增DNA片段數(shù)量的幾百萬倍甚至更高。比如人的基因組DNA有30億個bp,要擴增的單拷貝基因片段是300bp,1ng起始模板中可以作為模板DNA片段只占總起始模板DNA總量的千萬分之一)。如果在實驗室打開含PCR擴增產(chǎn)物的管蓋,大量攜帶DNA擴增產(chǎn)物的氣溶膠就會涌出,擴散到空氣中,從而對環(huán)境造成污染。


雖然在整個空間環(huán)境中DNA的含量很低,但由于理論上只要有1個可做為模板的DNA片段也能PCR擴增成功,這就是為什么在污染環(huán)境中陰性對照也能擴增出條帶的原因。

所以在專業(yè)的PCR實驗室(比如臨床PCR檢驗實驗室),通常有四區(qū)隔離(或至少是三區(qū)隔離)的要求。





常見的三區(qū)是指

1、試劑配制區(qū):PCR反應體系的配制區(qū)域。 

2、標本處理區(qū):包括擴增模板的制備,即提取DNA的地方。

3、PCR擴增和產(chǎn)物分析區(qū):進行PCR擴增的區(qū)域,也是擴增產(chǎn)物進行凝膠電泳分析的區(qū)域。 

如果將PCR擴增區(qū)域和產(chǎn)物分析區(qū)再次分開,就是四區(qū)隔離。四區(qū)隔離,主要目的是防止氣溶膠在各個PCR區(qū)域之間的流動,最好的方法是每個區(qū)域隔一幢樓,但操作起來不現(xiàn)實,于是便有了針對不同區(qū)域設置正負壓的方法: 

 

試劑配制區(qū)(Ⅰ區(qū)):最潔凈的區(qū)域,保持微正壓使得外界空氣無法進入隔離污染源。并且陰性模板應該在此區(qū)加入PCR管并蓋蓋,嚴禁在此區(qū)域打開、存放裝有DNA模板的離心管。

DNA模板添加區(qū)(Ⅱ區(qū)):壓力比Ⅰ區(qū)低,保證內(nèi)部空氣不外泄,以免陽性模板的氣溶膠對外界環(huán)境造成污染。

擴增及PCR產(chǎn)物分析區(qū)(Ⅲ區(qū)):保持負壓,使得內(nèi)部空氣不外泄,以免擴增產(chǎn)物的氣溶膠對外界環(huán)境造成污染。

 

操作時壓力遵循Ⅰ區(qū)→Ⅱ區(qū)→Ⅲ區(qū)單一方向進行,不可逆向進行。




既然PCR三區(qū)隔離的目的是為了阻斷氣溶膠的交流,請注意以下細節(jié),思考一下氣溶膠來自哪里:

 1. 每個區(qū)域都應配備專用的移液器,不可交叉混用。我們的一位用戶拿電泳室的移液器加模板,陰性對照擴出了很亮的條帶。 

2. 每個區(qū)域都應配備專用的移液器吸頭,不可交叉混用。 

3. 如果條件允許,在PCRⅢ區(qū)工作結束后再次進入PCR I區(qū)需要更換實驗服、一次性鞋套、帽子、手套。 

4. 在PCR I區(qū)、PCRⅡ區(qū)配備帶濾芯吸頭。 

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